รุตสคอยทำงานโดยให้ความร่วมมือกับเยลต์ซินเป็นอย่างดี จนกระทั่งหลังจากสิ้นปีพ.ศ. 2535 รุตสคอยเริ่มประกาศความขัดแย้งกับประธานาธิบดีอย่างเปิดเผย ในแง่ของเศรษฐกิจและนโยบายต่างประเทศและกล่าวหาว่าเจ้าหน้าที่รัฐบาลรัสเซียมีการทุจริต ขัดแย้งกับเยลต์ซินอย่างชัดเจนโดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงวิกฤตมีนาคม พ.ศ. 2536 เมื่อสภาประชาชนแห่งรัสเซียพยายามการขับเยลต์ซินจากตำแหน่งประธานาธิบดีแต่ไม่ประสบความสำเร็จ ในช่วงหลายเดือนต่อมา รุตสคอยเองก็ถูกกล่าวหาว่ามีการทุจริตโดยเจ้าหน้าที่ของรัฐบาลของเยลต์ซิน วันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2536 ประธานาธิบดีบอริส เยลต์ซินปลดรุตสคอยออกจากตำแหน่งรองประธานาธิบดีเนื่องจากการถูกกล่าวหาว่าทุจริต ต่อมาศาลรัฐธรรมนูญรัสเซีย ได้ประกาศว่ากฤษฎีกาของเยลต์ซินจะมีผลเป็นรัฐธรรมนูญ

วันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2536 ประธานาธิบดีเยลต์ซินมุ่งยุบสภาโซเวียตสูงสุด ซึ่งขัดแย้งโดยตรงตามมาตราของรัฐธรรมนูญของสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตรัสเซีย พ.ศ. 2521 เช่น:

มาตรา 121-6. อำนาจของประธานาธิบดีแห่งสหภาพโซเวียต ไม่สามารถใช้ในการเปลี่ยนองค์กรระดับชาติและสถานะของสหภาพโวเวียต เพื่อยุบหรือเข้าไปยุ่งเกี่ยวกับการทำงานขององค์กรที่ได้รับการเลือกตั้งใด ๆ ของอำนาจรัฐ ในกรณีนี้อำนาจของเขาหมดลงทันที

ในคืนวันที่ 21-22 กันยายน พ.ศ. 2536 รุตสคอยมาถึงรัฐสภารัสเซียและเมื่อเวลา 00:22 สันนิษฐานว่าอำนาจของ รักษาการประธานาธิบดีรัสเซีย เพื่อให้สอดคล้องกับบทความข้างต้น เขาได้สาบานตนเป็นประธานาธิบดีและกล่าวว่า ".. ข้าพเจ้ากำลังสละอำนาจของประธานาธิบดีและกฤษฎีกาต่อต้านรัฐธรรมนูญของประธานาธิบดีเยลต์ซินเป็นโมฆะ" ประธานาธิบดีเฉพาะกาล รุตสคอย แม้ว่ารัฐธรรมนูญก็ไม่เคยได้รับการยอมรับประเทศรัสเซีย หลังจากที่ความขัดแย้งนานสองสัปดาห์และความรุนแรงปะทุบนท้องถนนของกรุงมอสโกเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม พ.ศ. 2536 อาคารรัฐสภาถูกยึดครองโดยกองกำลังทหารเยลต์ซิน รุตสคอยและผู้สนับสนุนของเขาถูกจับกุมและตั้งข้อหากับองค์กรก่อความไม่สงบ ในวันเดียวกันนั้นเยลต์ซินไล่ รุตสคอยออกจากฐานะรองประธานาธิบดีอย่างเป็นทางการและปลดเขาจากกองกำลังทหาร รุตสคอยถูกขังอยู่ในมอสโกคุกเลโฟร์โตโว จนถึง 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 เมื่อเขาและคนอื่น ๆ ในวิกฤตการณ์เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2534 และวิกฤตการณ์เดือนตุลาคม พ.ศ. 2536 ได้รับการนิรโทษกรรมโดยสภาดูมาใหม่

หลังจากนั้นไม่นาน รุตสคอยก่อตั้งพรรคชาตินิยม ประชานิยม ชื่อพรรคเดอร์ซาวา (รัสเซีย: Держава) ซึ่งล้มเหลวในการเลือกตั้งสภาดูมาของปีพ.ศ. 2538 ได้คะแนนประมาณ 2.5% ของคะแนนเลิอกตั้งและทำให้ไม่ผ่านเกณฑ์ 5% เขาจึงตัดสินใจที่จะไม่สมัครเพื่อชิงตำแหน่งประธานาธิบดีในช่วงฤดูร้อนของปีพ.ศ. 2539 แต่ก็สมัครชิงตำแหน่งของผู้ปกครองของบ้านเกิดของเขาที่แคว้นปกครองตนเองเคิร์สก์ ในฤดูใบไม้ร่วงของปีเดียวกัน เป็นผู้สมัครที่ร่วมกันจากคอมมิวนิสต์และ "กองกำลังรักชาติ" เขาถูกตัดสิทธิ์จากการเลือกตั้ง แต่ได้รับอนุญาตให้ดำเนินการโดยศาลฎีการัสเซีย เพียงไม่กี่วันก่อนการเลือกตั้งซึ่งเขาได้รับคะแนนในการเลือกตั้งที่มีประมาณ 76% ของการออกเสียงลงคะแนน จนถึงวันนี้เขาก็ยังคงทำงานอยู่ในการเมืองรัสเซีย